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Black Jack es un doctor sin licencia, misterioso y poco expresivo, vive en una casa muy antigua situada en un risco, de su pasado nadie sabe, ni siquiera Pinoko, una niña pequeña que siempre lo acompaña (siempre suele decir que es su esposa y que tiene 18 años). Él usa métodos que no son permitidos por la medicina, causando que no tenga su licencia, trabaja por sí solo y cobra sumas que llegan hasta los 100.000.000 de yenes, es buscado por la policía por operar sin licencia y cobrar sumas indebidas, generalmente lo buscan prófugos de la ley (por ejemplo, una vez lo visitó un asesino con dos personalidades), doctores que quieren mantener operaciones o personas en secreto (por ejemplo, una vez en la noche lo visitaron unos doctores con una paciente a la que le tapaban la cara con un máscara). Black Jack suele enfrentarse a casos complicados, en los que no importa quiénes sean los pacientes, igual les cobra altas sumas de dinero, pero no es tan malo como aparenta, ya que la mayor parte del dinero lo utiliza para comprar islas para mantener la fauna o cosas por el estilo. Además, a la gente que no puede pagar mucho, les hace operaciones sin coste alguno, arreglando el problema con ingeniosos planes.
En Black Jack 21 la historia cambia drásticamente, Black Jack pasa de ser un doctor con ropa y capa negra, misterioso y algo cruel, que cura casos que ya se dan perdidos, a ser perseguido por una misteriosa organización que quiere acabar con su vida, empezando la historia con una bomba en su casa, de la cual Black Jack escapa milagrosamente cayendo al mar, así sin casa parte a viajar al mundo a resolver más casos e intentar saber por qué lo persigue la extraña organización.
En Black Jack 21 la historia cambia drásticamente, Black Jack pasa de ser un doctor con ropa y capa negra, misterioso y algo cruel, que cura casos que ya se dan perdidos, a ser perseguido por una misteriosa organización que quiere acabar con su vida, empezando la historia con una bomba en su casa, de la cual Black Jack escapa milagrosamente cayendo al mar, así sin casa parte a viajar al mundo a resolver más casos e intentar saber por qué lo persigue la extraña organización.
